In jedem Jahr werden 1 % aller Haushalte in Deutschland befragt – in Berlin rund 18 000 und in Brandenburg rund 11 000 Haushalte. Die Befragung findet persönlich (telefonisch), online oder mittels Papierfragebogen statt. In die Zufallsauswahl gelangen Gebäude und Gebäudeteile. Die darin wohnenden Personen werden bis zu vier Mal befragt. Für den überwiegenden Teil der Fragen besteht Auskunftspflicht, damit die Ergebnisse des Mikrozensus ein Abbild der gesamten Bevölkerung darstellen.

Der Mikrozensus erhebt u. a. Informationen zur Haushalts- und Familienstruktur, zu Schule und Studium, Aus- und Weiterbildung, Erwerbstätigkeit und Arbeitssuche, Lebensunterhalt und Einkommen, Kinderbetreuung, Internetnutzung und Wohnsituation. Die Themen des Mikrozensus sind gesetzlich festgelegt. Namen und Adressinformationen dienen der Erhebungsorganisation, werden getrennt von den Befragungsinhalten gespeichert, geheim gehalten und nach Abschluss der Datenerhebung und -aufbereitung gelöscht.

Der Mikrozensus informiert Politik und Verwaltung bei wichtigen Planungen und Entscheidungen, u. a. bei Anpassungen des Eltern- oder Wohngeldes und der Rente. Mikrozensusdaten fließen in die Armuts- und in die Kinder- und Jugendberichterstattung des Bundes und der Länder ein, wie auch in die Arbeitsmarkt- und Berufsforschung. In den Mikrozensus sind EU-weit vergleichbare Statistiken integriert, die u. a. benötigt werden, um EU-Mittel aus den Regional- und Sozialfonds gerecht zu verteilen.